La historia del club se remonta al año de 1881. Cuando era una sociedad mercantil extranjera bajo el auspicio del inglés Henry Gibbon. Cincuenta años después, el 2 de noviembre de 1931, se convirtió en sociedad cooperativa mexicana con 192 socios fundadores. El 21 de mayo de 1932, el entonces gobernador del Estado de Hidalgo, Bartolomé Vargas Lugo, decretó la expropiación de La Cruz Azul.
El 10 de diciembre de 1953, Guillermo Álvarez Macías asumió el cargo de presidente del Consejo de administración, y marcó un paso fundamental hacia la modernidad, la productividad, con el fin de brindar a los socios, los trabajadores, bienestar en lo social, deportivo, cultural, recreativo y en la salud.
El deporte favorito en el estado de Hidalgo era el béisbol, consecuentemente el personal de la manufacturera gustaba de practicarlo y como Garcés era un apasionado del fútbol platicó con algunos de sus pacientes sobre la conveniencia de efectuar un cambio en las aficiones deportivas de los empleados.
Después de una labor de convencimiento, el galeno logró reunir al Cruz Azul; los pioneros de este club fueron Salvador Rojo, Jacinto Vargas, Isidro Díaz, José Díaz, Rafael Cuevas, Luis Oviedo, Nicanor Oviedo, Carlos Romero, Alfonso Pérez, Carlos Garcés y Cirilo Cuevas.
Los primeros años del Cruz Azul pasaron sin pena ni gloria debido a que en el estado de Hidalgo no hubo competencia regional que avalara las hazañas logradas por los equipos locales; sin embargo, el historial cruzazulino estuvo plagado de grandes éxitos en el terreno verdaderamente amateur. En este renglón pudo competir con los equipos de segunda fuerza del Atlante, Marte, Necaxa, Asturias, España y América.
En su primera incursión por el fútbol profesional de la Segunda División, el Cruz Azul logró el cuarto lugar y tres temporadas después, el 19 de enero de 1964, obtuvieron el ascenso al máximo circuito bajo la dirección técnica del húngaro Jorge Marik, asegurando el liderato general de la competencia, donde derrotaron al Zamora por 7 a 1. Todo esto gracias a la combinación de resultados en la tabla general, ya que el equipo de Fútbol del Club Deportivo Poza Rica, quien estaba arriba en la puntuación, cayó ante el equipo de Orizaba, en un duelo Jarocho de alta intensidad, al caer los petroleros y no sumar puntos permitió que este equipo ascendiera. Con esto, el Cruz Azul era campeón de la Segunda División, siendo el equipo número 15 porque en la temporada 1964-1965 no hubo descenso y se aumentaron los equipos de 14 a 16.
Desde finales de los años 60 y toda la década de los años 70, Cruz Azul se convirtió en el club más ganador y espectacular del país. En ese período ganó siete títulos de Liga (incluidos un tricampeonato y un bicampeonato), dos campeón de Campeones y tres Copas de Campeones de Concacaf.
El gran auge de Cruz Azul vino con la decisión de la directiva cementera de mudar el equipo de Ciudad Cooperativa al entonces Distrito Federal, ante la necesidades requeridas por el crecimiento en popularidad del equipo. El escuadrón celeste se conformó como un equipo legendario con figuras como Miguel Marín, Javier "Kalimán" Guzmán, Alberto Quintano, Javier Sánchez Galindo, Ignacio Flores, Cesáreo Victorino Sr., Octavio Muciño, Fernando Bustos, Eladio Vera y Horacio López Salgado, entre otros. A finales de la década se integraría otra camada de jugadores de excelente nivel, como Carlos Jara Saguier, Rodolfo Montoya, Miguel Ángel Cornero, Guillermo Mendizábal, Gerardo Lugo Gómez, José Luis Ceballos y Adrián Camacho.
Después de obtener el subcampeonato en la temporada anterior, Cruz Azul vuelve a ganar el título al ganar la ronda final de este torneo, que se dividió en dos partes. En la primera fase logró clasificar como tercer lugar del grupo "Pares" para después coronarse en la última jornada al derrotar al Pachuca en Ciudad Cooperativa por 2 a 0. A los celestes les bastaba únicamente el empate para asegurar la corona, pero finalmente ganó el partido para hacerlo con categoría.
